Maar dat succes vergankelijk is, ondervond de ex-profwielrenner in oktober 2014. Tijdens een fietsvakantie in Spanje werd hij met spoed opgenomen in een ziekenhuis. Hij werd daar geopereerd aan de appendix en de dokters verwijderden een stuk darm. Uit de analyse van dat stuk darm bleek dat er een tumor woekerde in het lichaam van Baguet. Een zware behandeling met chemo en een nieuwe operatie volgden op deze diagnose.

Baguet bleef echter ambitieus en plande in 2016 een comeback in het mountainbiken. Die kwam er al een jaar eerder in een cross in de Houtemse deelgemeente Vlierzele, een wedstrijd voor Kom op Tegen Kanker. Baguet hoopte dat hij de ziekte eindelijk had verslagen. IJdele hoop, zo bleek achteraf. Deze wedstrijd kon de voormalig Belgisch kampioen niet winnen. Baguet laat een vrouw en een zoon na.

Serge Baguet begon zijn profcarrière in 1991. Hij reed vijf jaar voor Lotto en één jaar voor Vlaanderen 2002 en won in die periode ondermeer een etappe in de Ronde van de Limousin en de Ronde van Groot-Brittannië. In 1997 hield hij het wielrennen voor bekeken en ging hij aan de slag als dakwerker bij zijn schoonvader. In 2000 maakte hij zijn rentree in het profpeloton, opnieuw bij Lotto. Voor Baguet zouden zijn mooiste momenten volgen in het wielerpeloton. In 2001 won hij in Montluçon de zeventiende etappe in de Tour de France. In 2005 kroonde hij zich in Saint-Hubert tot Belgisch kampioen bij de elite.

In 2007 zette Baguet in de kleuren van Quick.Step-Innergetic een punt achter zijn wielercarrière. Op 11 september zwaaide hij op 38-jarige leeftijd het peloton uit tijdens de GP Briek Schotte.